Käse ist ein weiterer wichtiger Bestandteil der istrischen Gastronomie, mit verschiedenen traditionellen Käsesorten, die in der Region hergestellt werden. Istrischer Käse wird häufig aus Schafs- oder Ziegenmilch produziert, was ihm ein besonderes Geschmacksprofil verleiht, das von den lokalen Weiden und dem Klima beeinflusst wird. Einer der bekanntesten ist der istrische Hartkäse, der üblicherweise aus Schafsmilch hergestellt wird. Er ist bekannt für seinen reichen, nussigen Geschmack und seine feste Textur, wodurch er ein perfekter Begleiter zu Prosciutto und einer Auswahl lokaler Weine ist.

Ein weiterer bekannter Käse ist Skuta, ein frischer, ricottaähnlicher Käse, der aus der Molke hergestellt wird, die bei der Produktion anderer Käsesorten übrig bleibt. Skuta ist cremig und leicht säuerlich und wird häufig sowohl in süßen als auch in herzhaften Gerichten verwendet. Man kann ihn pur genießen, mit Honig oder Olivenöl beträufeln oder ihn Gebäck, Pasta und Desserts hinzufügen. Die Käseproduktion in Istrien folgt traditionellen Methoden, wobei viele kleine Produzenten an alten Techniken festhalten, um höchste Qualität und Authentizität zu gewährleisten.